La vallée du Cher comprend deux parties discontinues :
- la partie Nord qui s’étend de Villeneuve-sur-Cher jusqu’à Crézançay-sur-Cher
- la partie Sud de Bruère-Allichamps à La Perche
Dans le lit mineur, elle abrite des milieux humides d'intérêt communautaire appelés "gazons amphibies et des berges exondées", et "rives exondées riches en nitrates à chénopodes", dépendant de la dynamique fluviale et dont la localisation est aléatoire d'une année sur l'autre.
Dans le cours d'eau, au niveau des zones lentes, il est possible de trouver des groupements végétaux particuliers, composés de petites ou grandes plantes aquatiques comme Hydrocharis morsus-ranae ou Wolfia arrhiza, espèces rare et très rare en région Centre-Val de Loire.
Enfin, dans les zones plus courantes et plutôt eutrophes, on observe des herbiers aquatiques à renoncule flottante (Ranunculus fluitans), Myriophylle à épis (Myriophyllum spicatum)...qui peuvent avoir un fort intérêt piscicole.
Sur les berges des étangs et des mares, on peut observer des communautés amphibies pérennes septentrionales qui se forment en eau acide sur sol peu riches.
Principes de gestion conservatoire
des communautés amphibies :
- Limiter les apports d'intrants.
- Maintenir un marnage régulier.
- Adapter les périodes d'intervention à la sensibilité des espèces présentes.
- Maintenir des zones refuges lors des opérations de restauration et d'entretien des abords.
des gazons amphibies et des berges exondées et les végétations aquatiques :
- Préservation ou restauration du fonctionnement hydrologique.
- Maintien ou amélioration de la qualité des eaux.
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes.
- Pour les gazons amphibies, la scarification des berges peut permettre de limiter le développement des jeunes populations de Peuplier au profit des espèces annuelles des berges.
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